Chepo F.C. empezó en 1999 como “Proyecto 2000” con el objetivo de juntar jugadores Panameños y crear una selección para competir con clubes locales e internacionales.
El equipo empezó jugando en La Liga Distritorial de Fútbol de Panamá (LIDIFUTPA) antes de cambiar su nombre a Chepo F.C. y así llegar hasta la Primera A en 2003.
Luego el equipo asciende a la ANAPROF después de ganarle en la final al Club Deportivo Pan de Azúcar en el año 2006.
El equipo viajo a Costa Rica, donde jugó contra equipos de las academias de los mejores clubes en el país vecino y también en los E.E.U.U. en el torneo Dallas Cup.
En el 2003, el equipo viajo a Inglaterra donde compitieron en la Copa Riviera y salieron victoriosos.
El año siguiente, fueron de nuevo a Inglaterra para jugar amistosos contra equipos como Crystal Palace, Newcastle United y Charlton Athletic.
También fueron a España donde jugaron con el Alavés, Racing de Santander y Atlético de Bilbao, saliendo sin derrotas.
Después de haber ascendido a la ANAPROF, el Club ha visto un buen número de sus jugadores en los equipos sub17, sub20, sub23, y primer equipo de la Selección de Panamá.
El Club ha formado jugadores como Román Torres, Joseph Calderón, Armando Gun, Eduardo Jiménez y Gabriel Torres.
